Este conflicto armado ocurrió durante la presidencia del José Joaquín Pérez. Asumió en 1861 y finalizó su periodo en 1871. Su gobierno fue considerado como de «conciliación», dictó una ley de amnistía para todos los desterrados políticos. Contó con el apoyo de liberales y conservadores.

La tranquilidad de su gobierno fue interrumpido por la Guerra Contra España. El conflicto comenzó por el sentido americanista que existía en la Època y la hermandad que florecía entre Chile y Perú.
En 1865, España había reconocido formalmente la independencia chilena, pero no la del Perú, que aún estaba gestionándose ante la corte por los canales diplomáticos.
Una fuerza naval hispana presente en el Pacífico Sur, es recibida con manifestaciones de hostilidad en los puertos peruanos, lo que hace sentirse agraviado al almirante español José Miguel Pareja, quien como represalia toma las islas Chinchas.
Otras versiones indican que la Escuadra Española tomó las islas como una manera de saldar antiguas deudas que tenía el Perú desde tiempos de la Colonia.
No obstante, Perú y España manejaron el conflicto suscitado en forma bilateral. Al final los españoles devolvieron las islas.
Durante las negociaciones anteriores, la opinión pública chilena estaba enfurecida con los españoles, se realizaron actos hostiles contra los españoles residentes, se ridiculizó a sus soberanos y se negó todo apoyo logístico a las unidades navales españolas en los puertos chilenos.
El 18 de septiembre de 1865, el Almirante José Manuel Pareja recala en Valparaíso y exige al Gobierno chileno un desagravio humillante, so pena de bloquear nuestros puertos y destruir con su artillería los dos terminales marítimos principales.
Chile rechaza las condiciones y la fuerza hispana inicia las hostilidades declarando el bloqueo de nuestros puertos. El Gobierno chileno declara la guerra a España.
Simultáneamente, el frente diplomático accionaba eficazmente en el Perú, fin de conseguir una alianza que permitiera formar una Escuadra combinada con unidades chileno-peruanas para alcanzar un relativo equilibrio y poder iniciar la campaña marítima.
Pero la nación del norte estaba en medio de una revolución y su escuadra se había dividido en leales y contrarios al gobierno.
Nuestro Ministro Plenipotenciario enviado al Perú, Domingo Santa María, logró después de enormes esfuerzos, que el coronel Mariano Ignacio Prado, líder de los revolucionarios, se comprometiera a enviar a Chiloé los buques que le eran afectos, siempre que la corbeta «Esmeralda» y el vapor «Maipú» concurrieran hasta El Perú, para desarrollar la peligrosa travesía al sur en conjunto.
Sin embargo, Juan Williams Rebolledo a cargo de la nave Esmeralda se apoderó de la embarcación española «Covadonga» en el Combate de Papudo, ocurrido en noviembre de 1865. Pareja, luego de la derrota cometió suicidio.
La Escuadra Española fue asumida por el capitán de navío Casto Méndez Núñez. La situación para los europeos era insostenible. Adicionalmente, había redundado en que Perú, Ecuador y Bolivia le hubiesen declarado la guerra a España, con lo que se encontraban privados de toda posible posición para apoyo logístico de las naves cerca del teatro de operaciones. Faltaban el carbón, los víveres y hasta el cebo para las máquinas.

Desde otro punto de vista, el bloqueo comercial no había surtido el efecto esperado, dados la extensión del litoral chileno, los numerosos puertos y el escaso número de naves disponibles para ejecutarlo.
Más tarde llegaron a Chiloé los buques peruanos, el monitor «Huáscar» y la fragata blindada «Independencia» para sumarse a la Escuadra aliada, que con este significativo aporte, quedó en condiciones de operar ofensivamente en el Pacífico.
Estos elementos de juicio aconsejaban la retirada. Pero, no se habían obtenido en el mar éxitos de resonancia o trascendencia suficientes como para considerar cumplida la mentada represalia a la nación chilena, que originó el conflicto.
Enfrentado a esta disyuntiva de cursos de acción contrapuestos, el jefe español resolvió la retirada, bombardeando antes la ciudad y el puerto de Valparaíso.
Para ello notificó el dÌa 27 de marzo al Gobernador de Valparaíso, que cuatro días más tarde bombardearÌa la ciudad, pidiéndole que se izaran banderas blancas en hospitales, iglesias y establecimientos de beneficencia.
Estaban en la bahía las escuadras inglesa y norteamericana. La primera al mando del Almirante Denman y la segunda al mando del Comodoro John Rodgers.
El Encargado de Negocios de Inglaterra Mr. Taylor Thomson no autorizó la intervención de la escuadra inglesa para impedir el bombardeo, pues ello significaba un combate entre ambas fuerzas navales.
El Comodoro Rodgers al conocer el pronunciamiento de los ingleses, no se atrevió a intervenir.
Entonces el Cuerpo Consular en pleno, hizo una representación al ya almirante Mendez Núñez, indicándole lo inútil de su acción y la reprobación mundial que recibiría España por ese ataque.
Poco antes del inicio del bombardeo a Valparaíso, ambas escuadras extranjeras zarparon, dejando abandonada a su suerte a la ciudad.
El día 31 de marzo, con las fragatas «Numancia», «Blanca», «Villa Madrid», «Resolución» y «Vencedora», el Almirante Mendez Núñez bombardeó el primer puerto chileno durante tres horas.
Las 2.600 bombas y granadas disparadas causaron daños avaluados en $ 14.733.700 de la época, equivalente a 3.6 veces el costo total de la Expedición Libertadora del Perú.
El 11 de abril de 1871, se firma un armisticio mucho después que la Escuadra española abandonara las aguas del Océano Pacífico.

Gracias a la gestión del capitán del Almirante Patricio Lynch Zaldívar se produce un acercamiento entre ambas naciones, firmándose en Lima el Tratado de Paz y Amistad, el 12 de junio de 1883 cuando aún Chile estaba ocupando en Lima y el fin de la Guerra del Pacífico aún no era una realidad.

– Este artículo está publicado en la sección La Guerra del Pacífico. Más información en el Capítulo 1: Chile en el siglo XIX y en la Bibliografía.

Monumento al Roto Chileno en la Batalla de Yungay.

El 20 de enero de 1839 ocurrió la Batalla de Yungay, pueblo peruano ubicado en el departamento de Ancash, a orillas del río Santa. El general Manuel Bulnes, junto con 50.000 hombres, extendió sus líneas frente a los cerros de Punyán y Pan de Azúcar, ocupados por Santa Cruz con seis mil soldados.
Sucesivamente los chilenos, escalaron las alturas de Punyán y Pan de Azúcar y lograron dominar la posición. Vencido el enemigo en lo cerros, la batalla se hizo general en la llanura y al fin de seis horas de lucha, con tres cargas cerradas de caballería al mando del coronel Fernando Baquedano, quedó en completa derrota Santa Cruz y anuló el poder de la confederación.
Santa Cruz huyó a Ecuador. Tiempo después volvió a Bolivia e intentó dar un golpe de Estado. Sin embargo fue desterrado a Chile, donde vivió tranquilamente en Chillán, hasta que años después Bolivia lo llamó para fuera embajador en Europa.
Al llegar a Lima el general peruano Agustín Gamarra, enemigo de Santa Cruz, declaró terminada la guerra el 6 de marzo de 1839. La ConfederaciÛn se habÌa desintegrado.